Contrainformațiile militare nu sunt doar unul dintre cele mai mari departamente ale FSB. Oamenii din contrainformații militare sunt larg reprezentați în conducerea Serviciului Federal de Securitate și au o mare influență asupra mentalității și metodelor serviciului special. Această tendință s-a intensificat de la invazia Ucrainei, ceea ce explică parțial de ce foștii și actualii ofițeri FSB se referă tot mai mult la SMERSH ca la o experiență pozitivă.
Contrainformații militare reprezintă una dintre „cele mai sovietice” unități a serviciilor speciale. Poate pentru că sistemul de pregătire pentru ofițerii de contrainformații (ofițeri speciali) nu a fost niciodată reformat și nu a fost întrerupt din 1935.
După 1991, Direcția de Contrainformații Militare a devenit parte a noului serviciu special rus, care în 1995 a primit numele de FSB. În februarie 1995, cursurile superioare ale KGB din Novosibirsk au fost redenumite Institutul pentru recalificare și formare avansată a ofițerilor FSK (din aprilie 1995 - FSB).
În 2000, după ce V. Putin a fost ales președinte, capacitățile contrainformațiilor militare au fost extinse semnificativ. În februarie 2000, președintele interimar Vladimir Putin a semnat noul „Regulament privind direcțiile FSB din forțele armate”, care a extins funcțiile contrainformațiilor militare și i-a dat dreptul de a lupta împotriva crimei organizate. Decretul lui Putin a dat noi puteri ofițerilor FSB detașați în formațiunile armatei: acum aceștia erau angajați în identificarea potențialelor amenințări la adresa regimului. În același an 2000, Institutul a primit un certificat de acreditare de stat, care dă dreptul predării în cadrul programelor de învățământ profesional superior și suplimentar.
La 4 august 2004, UVKR a fost transformat în Departamentul de Contrainformații Militare al FSB, căruia îi sunt subordonate departamentele și departamentele FSB pentru raioanele și flotele militare, trupele interne ale Ministerului Afacerilor Interne și alte trupe și formațiuni militare. Din octombrie 2007, Institutul pentru Recalificare și Formare Avansată al FSB al Rusiei a fost numit Institutul FSB al Rusiei (Novosibirsk).
Din 2012, ofițerii speciali pentru structurile Departamentului de contrainformații militare au fost instruiți nu numai la Novosibirsk, ci și la Institutul de frontieră Golitsyn, unde a fost creat Departamentul de contrainformații militare. Instruirea se desfășoară în specialitatea „Suport juridic al securității naționale”. Durata studiului este de 5 ani.